En la Selección Nacional siempre han existido diferencias entre Directores Técnicos y futbolistas, que terminaron por no ser convocados con el TRI, como lo acontecido con Javier Chicharito Hernández que resultó eliminado del esquema de Gerardo Martino desde septiembre del 2019.
El problema surgió cuando la Selección Mexicana se encontraba en Estados Unidos y Hernández Balcázar y otros de sus compañeros decidieron acudir a una fiesta en Nueva York que originó el despido de Andrés Mateos, quien era parte del staff de logística del Tricolor. A pesar de que es el máximo goleador de la escuadra azteca, Chicharito no ha sido requerido por el Tata. Javier apareció en la prelista nacional, pero fue eliminado de la lista para los partidos amistosos.
Otro caso de diferencias ha sido lo que paso entre Ricardo La Volpe y Cuauhtémoc Blanco, todo inició cuando el entrenador dirigía al equipo azulcrema y no elegía al 10 del América. Tiempo después cuando el argentino dirigía a Atlas, Cuau anotó un gol y lo festejó acostado frente a la banca de los Rojinegros, para que lo viera el técnico. La Volpe se convirtió en el director de la Selección Mexicana y decidió no llevarlo al Mundial de Alemania.
El ex futbolista Claudio Suárez fue uno más que tuvo diferencias, ya que se lesionó antes de realizarse el Mundial de Corea-Japón 2002, lo cual lo dejó fuera de la competencia deportiva, en ese entonces el técnico era Javier Aguirre.
"Faltando dos meses y medio o tres casi, me fracturé el peroné un día antes de un partido amistoso contra Estados Unidos, en Denver, fue en un entrenamiento y el proceso lo sentí como un engaño en este caso del técnico que era Javier Aguirre, de su cuerpo técnico, el doctor, la selección, porque de momento sentí su apoyo, incluso de la Federación, de todos, de momento según estuvieron preocupados por mí, me dieron esperanza de recuperarme.
Carlos Hermosillo también dejó la Selección muy dolido con el entrenador Manuel Lapuente que decidió no llevarlo al Mundial de Francia 1998. En ese entonces, el ex de Cruz Azul tenía 33 años y declaró que ese era su cierre con el TRI.
Una diferencia más es la protagonizada por Miguel "Piojo" Herrera con el estratega Miguel Mejía Barón, luego que no fue llevado a la Copa del Mundo Estados Unidos 1994. Ya que hubo señalamientos por el temperamento de Herrera, al darle una patada al hondureño Dolmo Flores.
José Antonio "Tato" Noriega también está incluido con una discrepancia con Javier Aguirre que decidió excluirlo de la lista final para el Mundial de Corea-Japón del 2002.